IEで日本語が入力できなくなったとき、以下の順に設定変更して確認してみてください。
1) IEのインターネットオプションの詳細で「サードパーティ製のブラウザ拡張を有効にする」のチェックを外す。
2)[Microsoft IME Standard 2003]で、「互換性の構成」 にチェック。
3)[Microsoft IMEStandard 2003]で、[詳細なテキストサービスを使用しない]のチェックボックスをオンする。
音声入力や手書き入力などのMS-IMEの入力支援機能が停止する。
2)までで解決すれば、操作にほとんど影響がないのでラッキーですね。